Základy farmakogenomiky

Metodiky stanovení genových polymorfismů

1. Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)
2. Polymerázová řetězová reakce
3. PCR-REA
4. Další varianty PCR
5. Real-time PCR
6. Polymorfismus délky amplifikovaných fragmentů (AFLP)
7. Sekvencování
8. DNA čipy

---

7. Sekvencování

7.1. Standardní postup
(prezentace: .ppt (1,8 MB), .odp (1,6 MB))

Sekvencování DNA je stanovení primární struktury, tedy posloupnosti nukleotidů v molekulách DNA. Je to konečné a definitivní stanovení základní informace, kterou DNA nese. Znalost sekvence DNA umožňuje nalézt čtecí rámce potenciálních genů, vyhledat exony a introny ve strukturních genech a stanovit sekvenci aminokyselin kódovaných proteinů, odhalit regulační geny a regulační oblasti, repetitivní sekvence a všechny jednoduché nukleotidové polymorfismy.

K sekvencování jsou standardně využívány dvě principiálně odlišné metody. První z nich je založena na odbourávání řetězců DNA chemickými látkami, označuje se podle autorů jako Maximovo-Gilbertovo sekvencování. Druhá z metod využívá inhibice enzymatické syntézy DNA a označuje se jako Sangerova metoda sekvencování. Při obou metodách je výchozí materiál stejný. Jsou to fragmenty DNA získané například restrikčním štěpením a naklonované ve vektoru. Mohou to být také produkty polymerázové řetězové reakce.

Posledním pokrokem v technikách sekvencování je zavedení přístrojů pro automatické sekvencování. Tento postup využívá enzymatickou Sangerovu metodu a umožňuje stanovit a zpracovat sekvence DNA mnohem rychleji než při standardních postupech. Metoda využívá následujících principů:



Pro zobrazení další části se musíte přihlásit

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.