Základy farmakogenomiky

Metodiky stanovení genových polymorfismů

1. Polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)
2. Polymerázová řetězová reakce
3. PCR-REA
4. Další varianty PCR
5. Real-time PCR
6. Polymorfismus délky amplifikovaných fragmentů (AFLP)
7. Sekvencování
8. DNA čipy

---

6. Polymorfismus délky amplifikovaných fragmentů

(prezentace: .ppt (585,5 kB), .odp (457,0 kB))


Metoda polymorfismu délky amplifikovaných fragmentů (amplified fragments length polymorphism, AFLP) je metodou, která umožňuje charakterizaci kompletní genomové DNA. Využívá prvků metody RFLP a PCR. Metoda se označuje také jako amplifikace vzácných restrikčních míst ("interspersed repetitive sequence", IRS-PCR) a nebo selektivní amplifikace restrikčních fragmentů podmíněná primerem ("Selective Restriction Fragment Amplification", SRFA). Při této metodě je genomová DNA rozštěpena jednou nebo dvěma restriktázami. Jedna z těchto restriktáz přitom štěpí méně často než druhá. K restrikčním fragmentům jsou ligací připojeny oligonukleotidové adaptory, které jsou zkonstruovány tak, aby nemohlo dojít k obnově původního restrikčního místa. Zpětné ligaci fragmentů je přitom zabráněno tím, že ligace probíhá v přítomnosti restriktáz. Vzniklé molekuly fragment-adaptor jsou poté amplifikovány metodou PCR s využitím specifických primerů, tzv. "AFLP-primerů", které jsou komplementární k adaptoru a místu jeho spojení s fragmentem (zbytku původního restrikčního místa). Produkty PCR jsou nakonec rozděleny elektroforézou v polyakrylamidovém gelu.



Pro zobrazení další části se musíte přihlásit

doc. RNDr. Milan Bartoš, Ph.D.