Základy farmakogenomiky

Internetové zdroje

(prezentace: .ppt (155 kB), .odp (69,3 kB))

2. Vyhledávání sekvencí

Součástí databáze GenBank/EMBL/DDBJ jsou, jak již bylo uvedeno, nástroje pro prohledávání sekvencí. Ty je možné najít jako balíček tzv. prohledávačů BLAST (The Basic Local Alignment Search Tool) na stránce http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi BLAST umožňuje prohledávat oblasti homologie mezi dvěma sekvencemi. Programem je možno porovnat sekvence nukleotidů v DNA nebo RNA a posloupnost aminokyselin v proteinech a vypočítat statistickou významnost shody. Může být využit k posouzení evolučních vztahů mezi sekvencemi a pomoci identifikovat genové rodiny.

Soubor programů BLAST obsahuje tři balíčky, které umožňují

1. 1.V rámci tzv. „BLAST Assembled Genomes“, vyhledávat sekvence jednotlivých kompletně sekvencovaných genomů, např. člověka, šimpanze, myši, krysy, huseníčku, atd.
2. 1.V rámci tzv. „Basic BLAST“ jednoduché vyhledání nukleotidových sekvencí (nucleotide blast), sekvencí aminokyselin (protein blast), sekvencí aminokyselin po zadání sekvence nukleotidů (blastx), sekvence nukleotidů po zadání sekvence aminokyselin (blastn) a produktů translace po zadání sekvence vlastního produktu translace (tblastx).
3. 1.V rámci tzv. „Specialized BLAST“ několik speciálních aplikací, zejména pak vyhledávání jednoduchých genových polymorfismů (snp) a program, kterým lze porovnat dvě sekvence (bl2seq).

Pro zobrazení další části se musíte přihlásit